La Gobernación Departamental de San Marcos es una institución de la Presidencia de la República, por conducto del Ministerio de Gobernación, responsable de coordinar la acción de las instituciones del sector público que operan dentro de la jurisdicción, velando porque los servicios públicos sean entregados a la población con calidad y oportunidad; promoviendo el desarrollo del departamento, armonizando la relación entre el Gobierno Central (Organismo Ejecutivo) y el Municipal, sin perjuicio de la autonomía de este último, racionalizando los sistemas y procedimientos de trabajo y otorgando las prioridades a los proyectos que viabilicen el desarrollo económico y social.

• Realizar actividades de supervisión, coordinación y apoyo para verificar el avance de la gestión pública departamental.
• Elaboración de planes de contingencia.
• Dirigir la comisión departamental de seguridad ciudadana.
• Dirigir la unidad de enlace de seguridad pública.
• Coordinación departamental para la reducción de desastres.
• Conciliación y resolución de conflictos.
• Planificar, organizar y convocar la programación de los festejos y fiestas patrias; así como otras fechas memorables.
• Coordinación y apoyo interinstitucional para el desarrollo de diferentes acciones.